La Facultad de Medicina de la Universidad Autónoma de Querétaro, se funda en el año de 1977, e inicia actividades bajo la Dirección del Dr. Víctor Manuel Calderón Calderón, (┼) quien preside un comité que se encarga de diseñar el primer plan de estudios (semestral por asignaturas), e integra la primera plantilla docente. La sede inicial de la Facultad de Medicina fue la Escuela de Enfermería de la U. A. Q.; posteriormente se inició la construcción de las instalaciones actuales en terrenos cercanos a los campos clínicos proyectados.

Esta obra se realiza con aportaciones de benefactores como el Sr. Don Gonzalo Río Arronte y el Sr. Don Luís Fernández de Arriba, así como de autoridades Gubernamentales Federales y Estatales y autoridades Universitarias. En 1979 nuestra escuela se traslada a su sede definitiva en el edificio que ocupa actualmente. En 1987, bajo la Dirección del Dr. Carlos Alcocer Cuarón, con la incorporación de las especialidades básicas terminales de Medicina Familiar, Ginecología y Obstetricia, Cirugía General, Medicina Interna, Pediatría y Anestesiología, así como los postgrados de Odontología: Odontopediatría y Endodoncia, la Escuela adquiere carácter de Facultad el 30 de Noviembre de 1989.

En el año de 1997, siendo Director el Dr. Salvador Guerrero Servín, se logró la acreditación por cinco años, a través del Sistema Nacional de Acreditación de la Asociación Mexicana de Facultades y Escuelas de Medicina (AMFEM). El 16 de junio de 1997 toma posesión como Director de la Facultad el Dr. A. Jesús Vega Malagón. En esa época, se modificó el proceso de selección de ingreso dando un peso importante a la evaluación externa mediante el Examen de Habilidades y Conocimientos Básicos (EXHCOBA). Se modificó la forma de Titulación con la presentación del Examen General de Egreso de la Licenciatura aplicado por el CENEVAL. En el año de 1999, se amplía la oferta educativa iniciando la Licenciatura en Odontología. Se logra la acreditación del Programa de Medico General por parte del COMAEM.

En julio del 2003, toma posesión como Director de la Facultad de Medicina, el Dr. Benjamín R. Moreno Pérez (┼) quien implementa el proceso de Evaluación Curricular de la Licenciatura de Médico General a partir de lo cual se realiza la Reestructuración Curricular de la misma licenciatura, dando origen al Plan de Estudios MED 04, cuya característica principal radica en ser un plan de estudios semestral con créditos. Durante su gestión, se impulso sobremanera la construcción de nuevos espacios: el edificio destinado a Odontología, la Clínica Odontológica (que por cierto lleva su nombre) la nueva cafetería y las oficinas de la Dirección.

En Mayo del 2009, es electo como Director el Dr. Enrique A. López Arvizu, quien ha priorizado los proyectos de ampliación en infraestructura y oferta educativa que buscan consolidar a la Facultad de Medicina como la mejor del País.

En junio del 2010, se aprueba por parte del H. Consejo Universitario, el nuevo plan de estudios MED10 el cual incorpora curricularmente la asignatura de ingles, en los tres primeros semestres.

En septiembre del 2010, se recibe por parte del CUMEX (Consorcio de Universidades Mexicanas) el dictamen en el cual, la UAQ, ha sido reconocida por sus programas académicos de calidad por lo que nuestra institución ya pertenece a dicho consorcio.