Dentro del Programa Académico de la Especialidad se contempla la rotación en otras sedes académicas y hospitalarias que fortalecen la formación del médico residente así como de instancias académicas que favorecen el desarrollo profesional del residente. Existe convenio con la Universidad Autónoma de San Luis Potosí, En el Hospital Infantil de México “Federico Gómez”, el Hospital de Cadereyta, el Hospital General de San Juan del Río, Qro., el Colegio Médico de Querétaro y la Asociación Queretana de Pediatras AC.